南京南站站房分成5个层面，地下一层是地铁的换乘大厅以及商业区，负二层为地铁1号线，地上一层是换乘大厅，地上二层是站台层(出发厅)，地上三层是高架候车层(候车厅)。乘客到达一层后，可通过南北入口平台直接进入，也可以通过地面换乘大厅进入。在南京南站综合交通枢纽大致600米范围内，铁路、地铁、公路客运、公交4大交通体系通过130部电梯完全连接在一起。
