密尔的著作可以被看做是一次调和个人权利和他从父亲那里继承而来，从边沁那里接受而来的功利主义哲学的艰难尝试。他的著作《论自由》是英语世界为个体自由所作的经典辩护，其中心原则是：倘若不伤害到他人的话，人们应该可以自由地去做任何他们想做的事情。政府不能为了保护人们不受到伤害，而干涉个体的自由，或将大多数人的关于怎样最好地生活的观念强加于每个人。密尔认为，一个人要对社会负责的唯一一种行为，就是影响他人的行为。只要我不伤害到任何他人，那么，我的“权利的独立性就是绝对的。个体是他自己，是自己身体和思想的最高统治者”。

    这种对个体权利的毫不让步的说明，似乎需要某些比功利更有说服力的东西作为辩护。让我们来考虑一下：假如一个大多数人的群体鄙视一个小的宗教，并希望它被禁止。禁止这个宗教不是有可能，甚至很可能给最大多数人带来最大幸福吗？是的，被禁止的少数人会遭受不幸和挫败，可是，如果大多数人的数量足够多并且对此异端的仇恨之情也足够热烈，那么，他们的幸福之和将会远远超过那些少数人的痛苦。如果这一情形是可能的，那么功利似乎就是宗教自由的一个不稳固、不可靠的基础。密尔的自由原则似乎需要一个比边沁的功利原则更为强健的道德基础。

    密尔对此并不同意。他坚持认为，个人自由的理由完全建立在功利主义的考量之上：“我恰当地声明：我放弃任何可能从抽象权利观念得出的、独立于功利的、对我的论证有利的东西。我将功利看做是所有伦理问题的终极诉求，可是，这里所说的功利必须是最宽泛意义上的功利，建立在作为进取性存在的人的永恒利益之上。”

    密尔认为我们不应当逐事地使功利最大化，而应当从长远来看。他认为，尊重个体自由从长远来看，会导致最大的人类幸福。允许大多数人使持异议者保持沉默或抑制自由思考者，可能会使目前的功利最大化，可是从长远来看，这会使社会变得更坏———更加缺乏快乐。

    为什么我们应当假设，维护个人的自由和反对权，会从长远上促进社会福利呢？密尔提出了几种理由：反对性的意见可能是正确的，或部分正确，因而能给盛行的观点提供纠正。即使它不正确，那么使盛行的观点接受一些观念的有力挑战，将会防止它变成硬性的教条和偏见。最后，一个强迫其成员接受习俗和传统的社会，很可能会陷入一种荒谬的一致性，从而剥夺了自身的、促进社会进步的能量和活力。

    密尔对自由的有益社会效果所作的思考非常合理，可是它们并没有给个人权利提供一种令人信服的道德基础，原因至少有以下两点：其一，如果为了促进社会进步而尊重个体权利，这会使权利具有偶然性。假设我们进入一个社会，这个社会通过专横的手段而达到一种长期的幸福，难道功利主义者不会据此推断：在这样一个社会，个人权利难道不是道德上的需要吗？

    其二，如果将权利建立在功利主义的考量之上，那就丢失了这样一种意义：侵犯某人的权利就是对这一个体施加了某种错误，而无论这给总体福利带来什么样的后果。如果大多数人迫害一种不受欢迎的信仰的追随者，无论这种不宽容从长期上来讲，会给社会总体带来什么样的不良后果，难道这对作为个体的追随者们来说不是一种不正义吗？

    密尔对这些质疑自有解答，但这使他超越了功利主义道德的局限。密尔解释道，强迫一个人根据习俗、传统或流行性的观点而生活是错误的，因为这妨碍他达到人类生活的最高目的———对其人类能力充分而自由的发展。在密尔看来，一致性是最佳生活方式的敌人。

    人类的认知、判断、有区别的感觉、精神活动甚至道德偏好等能力，只有在作出选择时才得到运用。一个出于习俗而做事的人，并没有作出任何选择。他也没有锻炼自己的辨别能力，没有追求什么是最好的。心智和道德与肌肉的力量一样，只有通过使用才能得到提高……一个让世界或他自己的那部分世界为他选择生活计划的人，除了类人猿的模仿能力之外，并不需要任何其他能力；一个为自己选择计划的人，运用了他所有的能力。

    密尔承认，遵循传统可能会将一个人引入令人满意的生活道路，并使他远离伤害。“可是他作为一个人所具有的相对价值是什么呢？”他追问道，“人们做什么事情固然重要，而做这些事情的人，是什么样的人也同样重要。”因此，行为和结果并不是唯一重要的东西，性格也同样重要。对于密尔来说，个体性所带来的快乐不如它所折射出的性格重要。“一个连欲望和冲动都不是自己的人，也没有性格，就像一个蒸汽机没有性格一样。”密尔对于个体性的有力赞颂是《论自由》一书的最显著的贡献。然而，它也是一种异端邪说。因为它诉诸一些超越于功利的道德理想———关于性格和人类繁荣的理想———它实际上并不是对边沁原则的一种阐释，而是对它的一种放弃，尽管密尔声称他的思想刚好与此相反。