抗日战争开始后,陈寅恪平静的生活被彻底打破,日子过得越发艰难。1945年,由于长期读书用眼过度,再加上眼疾,造成他双目失明。受当时的条件限制,陈寅恪并没有得到有效治疗,只恢复一部分的视力,对陈寅恪这样一位嗜书如命的知识分子来说这无疑是致命的打击。但是,身体成了这样,陈寅恪并没有放弃学习、读书,他还是照常备课、上课,上课中眼睛反而睁得更大了。
　　在极其困难的条件下,陈寅恪晚年留下了一部80多万字、让他饱受争议的《柳如是别传》。1953年到1963年的这十年里,双目失明的陈寅恪凭借记忆口述,由助手黄萱笔录,艰难写成了这部著作。黄萱曾感慨地说:“寅师以失明的晚年,不惮辛苦、经之营之,钧稽沉隐,以成此稿。其坚毅之精神,真有惊天地、泣鬼神的气概。”
　　然而,争议之处在于这本传记的主人公是柳如是。她是明末清初的歌妓,与董小宛、陈圆圆等同称“秦淮八艳”,嫁给了东林领袖、文名颇著的钱谦益。虽然柳如是有诸多可圈可点之处,但是才华横溢的陈寅恪晚年花了十年光阴,全身心为这样一个出身不太体面的小人物立传,着实让大家接受不了。
　　在当时的学术界,陈寅恪被公认为有写中国通史、开宗立派的实力,可他最终却只是写了“不痛不痒”的《柳如是别传》。施蛰存、钱钟书、顾颉刚等人当时便公开表示不理解；钱穆在给学生的私信中,也表示极大的失望,认为陈寅恪是浪掷才华。
　　关于陈寅恪《柳如是别传》的写作动机,似乎成了20世纪的一桩学术公案,各种拔高的解读层出不穷。其实,看看陈寅恪的一生,他何时按照套路出过牌?淡泊豁达的性格,让他对“立言”这件事似乎并不“感冒”。
　　诚然,对陈寅恪来说,他要选择重大课题不是不可以,但晚年的他更愿意关注人,关注人的个人命运和社会变革相互之间的命运关系。正所谓“真名士多半软骨头,真气节在贩夫走卒”,陈寅恪利用一个小题目和两个小人物的身世告诉我们,在社会剧烈变革的明清之际,所有人,包括妓女都被迫面对选择问题,中国之所以不亡,并非因为钱谦益这样的社会名流,而是在于柳如是这样的底层民众。
　　《柳如是别传》既不是传记文学,也不能算纯正的理论专著。在这本书里,陈寅恪将自己“以诗证史”的功夫发挥到了极致,但是当以诗证不出史的时候,他也会在书中写明“殊乏确证,未敢多论”“附录于此,以待推究”之类的话语,显示出他严谨的治学风格。
　　对他来说,自己喜欢做的事,自己感兴趣的话题,就愿意去花费时间。没做公认该做的大课题,遗憾的是别人,而未必是他陈寅恪,更何况,他眼中的《柳如是别传》本身就是一部以小见大的著作,绝非自娱自乐或有什么暗中的隐喻。
　　陈寅恪是个真正喜欢读书的人。他读书,不为名、不为利,不亲政治、不谈风月,甚至不求名扬天下、不求泽被后世,只求“自由思想,独立精神”,随心而动、率性而为。
　　要说他的“独立之精神,自由之思想”,肯定不是叛逆和孤僻,而是自在。对陈寅恪而言,只要是自己的自由选择,哪怕是“著书唯剩颂红妆”,也能做出“天下第一”的大文章。他是留下了遗憾和谜团,可别人除了抱怨几句,似乎也真没几个能替他填上坑的。
　　这就是陈寅恪,一流就是一流,书生就是书生。他不该也不愿在去世半世纪后,还承载那些他不感兴趣的东西。用功利之心粉饰陈寅恪,只会看扁了他、弄污了他。