南京南站是一个“桥建合一”的站房，买票、候车、出站、上车都在一个立面上，但不在一个层面上。站房共分五层，地上三层，地下两层。

    地下二层为地铁站台层，地铁1号线、3号线南北贯通，其中1号线高铁南京南站将于6月底同步启用。

    地下一层为站房设备、地铁站厅、商业开发层及市政配套车库。

    地面一层为集散层，出站及综合交通方式换乘区域都在这层，四角分别设有配楼，包括出租车场站、公交场站、南京长途汽车客运南站、铁路售票处等。

    地上二层为站台层，28条铁轨从此层通过，为旅客的到发区域，同时设置有北进站广厅、贵宾区，也包括1个铁路售票处。

    地上三层为候车层，主候车厅总面积5.8万平方米，并设有客服商业夹层。这一层共有56个检票口，100多个橘色的自动检票机已经安装完毕，同时在大厅四个角落各配了1个售票处。