宋教仁的这些活动对袁世凯的独裁统治带来极大的威胁。袁世凯在与杨度的一次谈话中说，无论孙中山还是黄兴都好对付，“顶难驾驭的，只有一个宋教仁”。为实现自己的权力野心，袁世凯也曾设法对宋教仁进行收买。他先是许愿，要让宋教仁当总理，孰料“不恋权位，只重政见”的宋教仁坚辞不就。封官许愿不成，袁世凯又施以物质金钱腐蚀，特地召见宋教仁，赠送价值3000元的貂皮外套一件，后又托人赠以高达50万元可随意支取的存折一份。对此，宋教仁表现得光明磊落，全部退回不受。“敬酒”不吃，袁世凯准备拿出“罚酒”。

    正在这时，国会议员选举结果揭晓，国民党初选告捷，取得了参众两院总议席870席中的392席，得票率高达45%。国民党在中国历史上属于第一次真正的国会选举中大获全胜。这一结果使宋教仁大受鼓舞，踌躇满志的他准备筹划组织第一届责任内阁，以国民党代理党魁身份，宋成为责任内阁的阁揆已经是顺理成章的事。这势必造成与袁世凯分庭抗礼的局面。袁世凯动手了。1913年3月20日晚10点，宋教仁自上海乘火车赴北京。正当宋走至车站入口的剪票处，伸手去取收票员剪过的车票时，突然一声枪响，子弹击中他的腰部并进入腹腔。送行的黄兴、于右任等人赶紧扶住他，一面派人报警，一面紧急送入附近的沪宁铁路医院急救。在医院里，医生用钳子从他的小腹取出子弹，发现子弹有毒，虽然流血不多，但是致命。3月22日清晨，宋病势恶化，无法挽救，与世长辞。这时他只有33岁。

    案件发生后，举国上下舆论哗然，社会各方都希望尽快侦破宋教仁被刺一案。孙中山当时正在日本访问，闻讯后当即发出急电，“望党人合力查明此事原因，以谋昭雪”；黄兴与陈其美各方联络，悬赏万元缉拿凶手；江苏都督程德全、民政长应德闳通电全省各地官吏，协拿凶手，限期破案；沪宁铁路局认为凶案发生在火车站内，有损路局声誉，也主动拿出5000元赏金缉凶……随着侦破工作的有力开展，原本扑朔迷离的案情真相，如剥笋般逐渐展现在世人面前：凶手武士英受江苏驻沪巡查长、中华共进会会长应桂馨主使杀人，而应桂馨的后台，竟是袁世凯心腹——国务总理赵秉钧和国务秘书洪述祖。侦查人员获得的大量极其重要的信件与电报是无可更移的确凿证据，足以证明宋案确与国务院相连，且临时大总统袁世凯也有推脱不掉的责任与无法洗清的嫌疑。真相大白之前，袁世凯在北京还想做毫不知情状，他于21日得知宋被刺消息，表示非常意外，即发一电慰问。然而，上海毕竟不是袁的势力范围，袁鞭长莫及。他做梦也没有想到这件刺宋案只用三四天就被破获。国人清楚地看到这样一张关系图：杀人的主使者是大总统袁世凯，同谋犯是国务总理赵秉钧，担任联络的是内务部秘书洪述祖，布置行凶的是上海大流氓应桂馨，直接行凶的是失业军痞武士英。

    挂着民国招牌的共和国已经被袁世凯彻底践踏了。《民立报》、《国风报》、《国光新闻》等全国报纸闻风而动，纷纷发表文章，称北京政府为“万恶之政府”，抨击“政府杀人”，“政府暗杀人”。一时间，全国各地因宋案激发，变得动荡不安。孙中山再也无法安心开办实业修造铁路，他于3月25日从日本返回上海，当天召开国民党高层干部会议，商讨对策。此时，国民党内部分歧很大，出现了两种截然不同的意见。孙中山完全看清了袁世凯集权独裁的真实面目，认为靠法律无济于事，只有迅速组织军队，通过武力夺取政权，才能解决根本问题，他说：“若有两师军队，我当亲率北上问罪。”而以黄兴为首的大多数国民党人则认为，一旦开战，列强就会乘虚直入再次瓜分中国，况且国民党与袁世凯的北洋军队相比，实力远远不及。双方认识各执一端，相持不下。就在国民党犹豫不决之时，袁世凯已经急不可耐撕破脸皮，先下手为强，向国民党大举进攻了。4月，在相继免去国民党籍的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民和安徽都督柏文蔚后，袁世凯悍然下令进攻江西，企图一举征服国民党控制的南方各省，一劳永逸地解决阻挡他实行独裁统治的所有障碍。