1919年,当五四运动真正兴起时,章太炎已过知天命之年。他本可以坐享其成——从政治上说,他作为同盟会元老,享有革命元勋的尊荣。从文化上说,此时正在崛起的新文化运动中冲锋陷阵的闯将们不是他的后辈就是他的学生。章太炎本人又刚刚因为反对袁世凯复辟忍受了多年软禁,这个经历让他又平添了一抹革命殉道者的色彩。如果他肯站在文化革新的潮头振臂一呼,这场运动中旗手的角色似乎非他莫属。
　　然而章太炎却在此时走向了昔日自己和此时大众的对立面。他跑到苏州成立“国学会”,后又创设“章氏国学讲习会”,开设经学、史学、诸子学、文学等课程,不遗余力地呼吁尊孔读经。
　　相反,对于五四新文化运动中树立起的两杆大旗——“科学”和“民主”,章太炎反而像当年批判儒学一样开始大唱反调。
　　对于科学,他明确反对新文化运动中“道德由于科学”的观点。在《适宜今日之理学》中,他明确说:“科学者流,乃谓道德礼俗,皆须合于科学。此其流弊,使人玩物丧志,纵欲以败度。”换句话说,章太炎断言用“科学”去评判道德将会导致道德的崩溃,缺乏道德礼俗规范的人便将陷入“纵欲以败度”的境地。更有甚者,章太炎还担心这种用科学评判中国传统道德和历史的做法将败坏中国的“国性”。
　　对于民主,章太炎则将火力集中到当时备受热捧的代议制民主上。他在《代议然否论》中认为:代议制不过是封建制度的变体,西方和日本刚刚脱离封建体制,所以实行代议制不失为一种合理的改良。中国实行代议制之后,凭空又制造了一个阶级,因此他竟然呼吁在中国断不可施行代议制民主。文章写到激愤之处,章太炎干脆声称:“要之代议政体,必不如专制为善。”这样的观点给当时的学界造成了严重的误解,以为他以辛亥革命元勋之身份反而主张专制。如果不是他曾经有反对袁世凯称帝的义举在前,外加鲁迅等人念师徒之情对其多方维护在后,在轰轰烈烈、连孔子都已经打倒了的五四运动中,章太炎差点就被当做“专制余孽”遭万人唾骂了。
　　章太炎晚年这个急转弯式的思想转变何以发生,是中国近代思想史上一个有趣的公案,解释历来众说纷纭。有人说是他从小受到的儒家传统教育使然,也有人认为是新文化运动中一些过激的观点和口号刺激了这位脾气和学问同样大的大家,使其走向了自己思想的反面。但真正的原因,很可能正如鲁迅所言,章太炎是一个“革命者”形象大于“思想者”的人。如果说思想者的思维习惯根基在于“立”,那么革命者则更注重“破”。在辛亥革命和袁世凯复辟以前,身为革命者的章太炎认为当时横亘在中国面前最大的障碍是冗余而畸形的传统观念,因此他致力于大刀阔斧地革陈出新,甚至不惜对孔子直接开炮。然而,当清王朝已然垮台、梦想复辟的袁世凯寿终正寝后,一贯先知先觉的章太炎面对新文化运动又多了一分新的忧虑——在他看来,新文化运动不仅是姗姗来迟的,还是矫枉过正的。于是他从五四运动的最早先驱,摇身一变,成为了它最有力的反制者。
　　然而,归根结底,章太炎还是将他独特的精神与气质留给了五四运动。那是一场破大于立的运动,那是一个敢于批判旧思维、提倡新思维的运动。那更是一场以思想自由为贵的运动——而这一切像极了站在这场运动对面,用严父一般挑剔目光审视着它的那位大家——章太炎。