2013年1月底,孙杨恋爱的消息被曝光,很快,师徒闹矛盾,孙杨提出换组的消息不胫而走。1月的最后一天,孙杨和朱志根发生言语争执,孙杨一句“你的训练太落后,我不跟你练了”,令老朱很伤心,师徒二人矛盾爆发。

　　2013年2月4日下午,浙江体育职业技术学院宣布了对孙杨的处罚决定,师徒都没有参加通气会。据悉,孙杨当时向队里做了检查,还在学院领导的陪同下去找了朱志根,希望向教练道歉,但没找到人。

　　一个月后,朱志根率先释放和解信号。3月2日晚,孙杨在微博上发了一张和恩师朱志根的合影,并配以文字“阳光总在风雨后”。

　　2013年4月,师徒二人泳池边再度上演“全武行”,导致了两人再次决裂。随后,朱志根又以孙杨训练不系统为由,向体育总局游泳中心提议不让他参加巴塞罗那游泳世锦赛,孙杨也正式提交更换教练的申请。世锦赛上,孙杨最终拿下三枚金牌,几度落泪,世锦赛结束后,张亚东与孙杨的合作暂告段落。8月,孙杨回到朱志根麾下备战全运会,直到朱志根因身体原因辞去孙杨分管教练一职。